Es el año 2552, la humanidad ha conquistado el viaje a través del hiperespacio superando la velocidad de la luz y debido a la sobrepoblación mundial han debido crear colonias en otros planetas para vivir. Pero también están en guerra con una alianza religiosa de especies alienígenas llamada El Covenant que desean arrasar con la tierra y sus colonias por que creen que la humanidad es una herejía a sus Creencias. 

Debido a la superioridad numérica y tecnológica de el Covenant, los humanos se ven forzados a desarrollar en los laboratorios gubernamentales de la UNSC (El Comando Espacial de la Naciones Unidas) en el planeta Reach un proyecto secreto llamado SPARTAN-II en el cual una serie de hombres y mujeres especialmente elegidos son mejorados biológicamente para convertirlos en supersoldados capaces de terminar el conflicto. Pero Reach es atacado por el Covenant del cual solo una nave de la UNSC escapa. The Pillar of Autumn, (Nivel) liderado por el Almirante Jacob Keyes sostiene entre sus brazos al único Spartan 117 sobreviviente de la batalla; El Master Chief(Jefe maestro) Para evitar que el Covenant los siga hacia la tierra el El Pilar de Otoño, (Nivel) hace un salto ciego al hiperespacio llegando a los bordes de la galaxia, aunque con sus enemigos pisándoles los talones. Jefe Maestro (Master Chief, una vez despertado de su crioestasis por órdenes de Keyes escapa del Pilar llevándose a la I.A. femenina de esta, Cortana para prevenir que el Covenant la capture y aprenda de los puntos débiles de la UNSC y de la localización de la tierra. Una vez insertada en la armadura cibernética del Jefe, los dos escapan en una cápsula salvavidas de la nave que esta siendo atacada por hordas del Covenant y aterrizan en un planetoide con forma de anillo llamado Halo. En la superficie de Halo, Master Chief localiza y rescata a las fuerzas desperdigadas de soldados marines que también habían escapado de la Autumn y luego rescata al Almirante Keyes, preso por el Covenant en una de sus naves estacionada en Halo, la "Truth and reconciliation" (Verdad y Reconciliación). 

Una vez libre, el Almirante Jacob Keyes ordena a Cortana y a Master Chief localizar la Sala de Control de Halo antes que el Covenant. Ellos lo logran mediante El Cartógrafo Silencioso (Silent cartographer), un mapa de todo el anillo. Pero Cortana, insertada en las redes de la Sala de Control descubre que los Covenant accidentalmente han liberado a una virulencia la infecciosa raza alienígena en el anillo llamada los Flood y lo manda a buscar a Keyes y un escuadrón de marines en un oscuro pantano al que habían ido en busca de un supuesto deposito de armas del Covenant, justamente el lugar donde reaparecieron los Flood.